Na miejscu gubernator uniwersalny Indii lord Ellenborough powierzył mu dowodzenie w środku prowincji Poona. W sierpniu 1842 r. otrzymał dyrektywa udania się do prowincji Sindh na terenach obecnego Pakistanu. 3 września wypłynął z Bombaju. Podczas rejsu wśród jego oddziałów wybuchła mór cholery, która kosztowała żywot 54 ludzi, zanim flotylla przybyła do Karaczi. Na miejscu oddziały poniosły kolejne straty, na skutek wybuchu granatów. Po powrocie do zdrowia wyruszył w środku górę Indusu, do Hajdarabadu również Sakharu. Tam powiedział się, że został najwyższym pełnomocnikiem gubernatora generalnego oraz przejął w środku prowincji najwyższą władzę. Władza Korony brytyjskiej w środku Sindhu ograniczała się okolic garnizonów do wnętrza Shikarpurze, Bakharze plus Karaczi. Teren prowincji był przecięty pośród 3 emirów: Kahirpuru, Hajdarabadu także Mirpuru. Ellenborough wcześniej wpierw poinstruował kapitana Jamesa Outrama, który kierował brytyjską administracją na tym terenie, że każdy z osobna przedsmak buntu emirów musi pokrzyżować się brytyjską interwencją. Napier, po zapoznaniu się z raportami Outrama na niewiara emirów, doszedł do wniosku, że brytyjska wkroczenie jest nieunikniona. Napier był wobec wrażeniem bogactwa prowincji, tymczasem dostrzegał też opresja emirów, którzy głównym źródłem swojego bogactwa uczynili wysokie podatki nakładane na mieszkańcy wiejską.
Napier napisał zmieniony traktat wśród Koroną brytyjską natomiast emirami z Sindhu. Ellenborough zaakceptował jego treść poznawcza plus polecił użyczyć go emirom do wnętrza formie ultimatum. Traktat zakładał poryw na wskroś Brytyjczyków kontroli ponad częścią terytoriów Khairpuru dodatkowo Hajdarabadu. 15 grudnia 1842 r. wojska brytyjskie przekroczyły Indus plus rozpoczęły okupację wymienionych do wnętrza traktacie terytoriów. Napier umieścił swoją kwaterę główną w środku Rohri, mając po prawej stronie rzekę tudzież po lewej pustynię. Wspomagające Brytyjczyków oddziały bengalskie wzięły do niewoli emirów z Szbzalkotu także Bhang-Bary. 31 grudnia Napier zaatakował twierdzę Imamghar, położoną na środku wielkiej pustyni na wschodzie prowincji, również z tego względu uważaną zbytnio nie do zdobycia. Napier nie przejął się tymi opiniami, 350 żołnierzy z 22. Regimentu Królowej (Queen's 22nd Regiment) posadził na wielbłądy (po dwóch), zabrał dwójka 24-funtowe działa także 200 koni, plus wyruszył do wnętrza drogę 5 stycznia 1843 r. Po tygodniu dotarł na obszar również okazało się, że 2000 żołnierzy garnizonu ewakuowało się parę dni wcześniej. Po trzydniowym odpoczynku Napier wysadził fortecę także udał się do wnętrza kierunku Indusu. 21 stycznia zdobył Pir Abu Bakar, który uczynił swoim głównym obozem. Sprawność z jaką generał zdobył fortecę, pozbawiając emirów schronienia na zaszłość porażki, zyskała nabożeństwo księcia Wellingtona.
Tymczasem związany Napierowi Outram zaproponował wiara emirów do przyjęcia traktatu drogą negocjacji. Napier podszedł do tego pomysłu sceptycznie (zbliżało się upalne lato, które mogło serio utrudnić operacji wojskowe), lecz wreszcie wyraził zgodę. Outram udał się do Kahirpuru także rozesłał swoich komisarzy do emirów, którzy mieli stawić się do 20 stycznia również zatwierdzić traktat. Termin przesuwano po pewnym czasie do 25 stycznia, 1 lutego oraz 6 lutego, jednakowoż emirowie nie przybywali. W tym czasie Napier wysłał Outrama do Hajdarabadu, natomiast samodzielnie ruszył powolnym marszem na południe. 30 stycznia dotarł do Nowshery. Tam dotarły do nich wieści od momentu Outrama, że emirowie zbliżają się do Kahirpuru, by ratyfikować traktat również życzą sobie obecności Napiera. Ten natomiast nie ufając emirom odmówił. 12 lutego doszło do spotkania Outrema z emirami. Początkowo ustępliwi dostojnicy z w lot czasu stawiali jeszcze twardsze żądania. Ponieważ każdy z osobna z nich przybył z oddziałem zbrojnych, Outram uznał zbyt stosowne zabarykadować się wewnątrz swojej rezydencji. 15 lutego oddziały emirów zaatakowały budynek, niemniej jednak Outramowi plus towarzyszącym mu żołnierzom udało się po kilku godzinach obrony wyciągnąć się z okrążenia również trafić do głównych sił.
W międzyczasie maszerujący na godzina dwunasta Napier zorientował się, że ścigają go siły emirów. Zwiadowcy różnie oceniali ich liczbę, przecież było ich nie mniej niż 22 000. Siły Napiera liczyły 2800 ludzi, z czego 500 Brytyjczyków. Ponadto 200 ludzi zostało skierowanych do podpalenia lasu na flance nieprzyjaciela, oraz 400 ludzi chroniło tabory. Do spotkania obu armii doszło wobec Meanee 17 lutego. Napier ustawił tabory w środku drugiej linii. Na lewym skrzydle stacjonowała artyleria (12 dział) dodatkowo 50 saperów, potem 22. Regiment Królowej, 25., 12. plus 1 pułk grenadierów hinduskich również 9 pułk kawalerii bengalskiej. Uformowane w środku eszelony regimenty piechoty otworzyły ogień, odrzucając oddziały emirów znad rzeki Falaili. Zwiększający się ucisk Brytyjczyków dodatkowo streszczony płomień artylerii wywołał panikę w środku części oddziałów. Napier zauważył to oraz rozkazał swojej kawalerii zaatakować prawe skrzydło wroga. Szarża odrzuciła nieprzyjaciół od chwili rzeki. Zamieszanie wewnątrz ich szeregach wykorzystała piechota. Emirowie uznali wówczas, że bój jest strata także rozpoczęli odwrót. Ich straty wyniosły więcej niż 6000 zabitych oraz rannych. Brytyjczycy stracili 20 oficerów dodatkowo 250 żołnierzy. Hyderabad został obroniony, oraz 6 emirów zrezygnowało z dalszej walki z Brytyjczykami.
Tymczasem emir Shir Muhammad, zwany Lwem Mirpuru, maszerował przeciwko Brytyjczykom na czele 1000 ludzi. Będąc do wnętrza pobliżu pola bitwy dowiedział się klęsce emirów także zdecydował anulować się do Mirpuru. Tam wobec jego rozkazy zgłosiło się 25 000 ludzi. Jednak hulaszczy także fakt, że od chwili Napiera oddzielało go wiele kilometrów pustyni powstrzymały Shira Muhammada odkąd natychmiastowego ataku. Napier póki co zebrał tyle wojska jak bardzo zdołał, założył ugrupowanie ponad Indusem plus czekał. 23 marca Shir Muhammad wysłał posłów do Napiera domagając się jego kapitulacji. Generał odrzucił tą propozycję plus następnego dnia ruszył przeciwko emirowi. Na nieprzyjaciela natknął się wewnątrz Dubbie, 8 mil na północny-zachód odkąd swojego obozu. Shir Muhammad dysponował 26 000 żołnierzy także 15 działami. Siły brytyjskie liczyły 5000 żołnierzy, do wnętrza ty, 1100 kawalerzystów, plus 19 dział. Bitwa rozpoczęła się 9 rano. Brytyjska artyleria konna otworzyła ogień, i do ataku ruszył 22. Regiment. Tym łącznie przecież wróg stawił kwaśny tarcie oraz wprowadził do walki drugą linię swoich oddziałów, której istnienia Napier nie podejrzewał. Brytyjski generał poprowadził wtedy napad piechoty. Oddziału emira nie żelazny naporu także zaczęły się cofać. Shir Muhammad stracił 5000 ludzi, Napier 270 (z czego 147 należało do 22 regimentu). Napier odznaczył się w czasie bitwy wielką odwagą, ubito wobec przedtem konia, zaś wobec ostateczność bitwy w środku jego pobliżu eksplodował posłanie z amunicją, zabijając wielu ludzi ramię w ramię generała, pomimo tego płeć brzydka sam, nie zważając na że pękła mu wewnątrz ręce szabla, nie odniósł obrażeń.
Napier wysłał swoich rannych do Hyderabadu oraz ruszył wewnątrz ściganie zbytnio Shir Muhamsem. 27 marca dotarł do opuszczonego Mirpuru. Shir zabrał swoją rodzinę również skarby także uciekł do Omerkotu, 100 mil odkąd Dubby, wewnątrz sercu pustyni. Napier pozostał w środku Mirpurze plus wysłał kawalerię dodatkowo wymiary artylerii do Omerkotu. Sam 9 kwietnia wrócił do Hajdarabadu. Od oddziału wysłanego przeciwko emirowi nie było żadnych wieści, wówczas Napier wysłał kolejne oddziały poniżej dowództwem pułkownika Robertsa plus majora Jacoba. Wielu ludzi zginęło w toku marszu wskroś pustynię. Pozostający wewnątrz Hajdarabadzie Napier dostał udaru słonecznego. Ostatecznie przyszła do miasta wieść, że 14 czerwca major Jacob pokonał Shir Muhammada wobec Shah-dal-pur. Wojna była zakończona. Do lorda Ellenborougha Napier wysłał krótką wiadomość: Peccavi, co znaczy zgrzeszyłem (po angielsku I have sinned, dźwięk podobne do prowincji Sindh).