Podbity kraina należało zorganizować. Istniały dwaj tego koncepcje. Pierwsza, popierana wskroś lorda Ellenborougha, zakładała aneksję Sindhu pod jednoczesnym pozostawieniu u władzy emirów, z którym należało zawrzeć odrębne traktaty. Z drugiej strony uważano, że zaniechanie niezależnych emirów osłabi brytyjski program uczynienia z prowincji "tarczy przeciwko afgańskiej nawałnicy" (zaledwie parę miesięcy wcześniej, w środku grudniu 1842 r., afgański włodarz Dost Mohammad Chan zniszczył brytyjską armię wysłaną do Afganistanu).
W prowincji Napier dał się zawrzeć znajomość w charakterze zdolny zarządca plus organizator. Na ważniejsze stanowiska powołał wojskowych, jednakowoż stworzył też sprawną władzę cywilną i siły policyjne. Rozpoczął też działania mające na celu uczynienie z Karaczi drugiego co do znaczenia portu do wnętrza Indiach. Prowadził bogatą korespondencję z gubernatorem również lokalną administracją, nie bacząc na że podwójnie z trudem chorował. 24 maja 1844 r. świętował urodziny królowej Wiktorii, w trakcie których odebrał uwielbienie od chwili 3000 dostojników z Sindhu. Sprawnie przeprowadzony podbój przydał Napierowi uznania wewnątrz Londynie. Listy z gratulacjami pisali książę Wellington także prezes rady ministrów Robert Peel.
Pod skrajność 1844 r. Napier przedsięwziął wyprawę przeciwko górskim plemionom atakującym Sindh. Przed świętami dotarł do Sakharu, który uczynił swoją główną bazą operacyjną przeciwko przywódcy plemiennemu Bejowi Chanowi Dumkiemu. Podczas marszu wojsko Napiera padła ofiarą gorączki. Beja Chan zdecydował się to zużyć dodatkowo zaatakować Brytyjczyków z zasadzki. Napier jednakowoż sprawnie ustawił swoje wojsko w środku system bitny dodatkowo zmusił górali do ucieczki, biorąc do niewoli 1000 jeńców. W styczniu 1845 r. zdobył ważne miasta Pulaji, Shahpur także Ooch, lecz nie udało mu się pochwycić Beji Chana. Udało się to zaledwie 9 marca, gdy Beja Chan plus jego społeczność zostali otoczeni do wnętrza Traki. W międzyczasie lord Ellenborough został odwołany ze stanowiska. Jego następcą został sir Henry Hardinge, który pogratulował Napierowi udanej kampanii. Pod ostateczność marca Napier powrócił do spraw administracji prowincji.
Sławna stała się powierzchowność Napiera wobec hinduskiego zwyczaju sati, oznacza to palenia żywcem wdowy na stosie pogrzebowym jej męża. Napier, jako także całe brytyjskie władze, zakazał praktykowania tego obyczaju. Delegacja Hindusów udała się do niego mówiąc, że muszą wykonywać swoje zwyczaje. Napier więc odpowiedział: Mówicie, że macie zwyczaj palenia wdów. Nie ma sprawy. My również mamy pewny zwyczaj: jeżeli iks spali żywcem kobietę, temu zawijamy węzeł wokół szyi także wieszamy. Budujcie swoje stosy pogrzebowe, moi cieśle będą wtedy erygować szubienice. Może posuwać się według swojego zwyczaju. My wtedy postąpimy podług swojego.
Polityka Napiera wewnątrz prowincji nie wszystkim przypadła do gustu. Głównymi oponentami generała byli oficjele Kompanii Wschodnioindyjskiej, których Napier z wzajemnością nie lubił. Nieprzychylne opinie na zadanie Charlesa pojawiające się w środku Wielkiej Brytanii skłoniły jego młodszego brata, Williama, znanego historyka, do napisania prac broniących polityki jego starszego brata. Były to Historia podboju Scindy z 1845 r. dodatkowo Historia administracji w środku Scindzie z 1851 r.