13 grudnia 1845 r. wybuchła pierwsza wojna z Sikhami. 24 grudnia Napier otrzymał polecenie udania się do Rohri. Przybył w tym miejscu 6 lutego 1846 r., jak ośrodek kierujący 15 000 ludzi. Podczas koncentracji Sikhowie zaatakowali Foreczeshah. Hardinge nakazał Napierowi stawić się sam w środku jego kwaterze głównej do wnętrza Bhawalpur. 3 marca dotarł do Lahaur, gdzie dowiedział się, że Hardinge dodatkowo generał Hugh Gough zwyciężyli Sikhów wobec Sobraon. Wojna była zakończona. Na początku kwietnia Napier wrócił do Karaczi, gdzie wybuchła mór cholery, w trakcie której zmarł jego wyjątkowy siostrzeniec John Napier. Również wcięcie zdrowia Charlesa pogorszył się, wszak udało mu się wynieść się z choroby. 9 listopada 1846 r. został awansowany do stopnia generała-porucznika. W lipcu 1847 r. skłócony z decydentami z Kompanii Wschodnioindyjskiej zrezygnował ze stanowiska gubernatora Sindhu.
1 października opuścił Republika Indii również wrócił do Europy. W drodze powrotnej odwiedził do wnętrza maju 1848 r. do wnętrza Paryżu marszałka Soulta. Stary marszałek powiedział Napierowi, że ceni go zbyt jego operacje do wnętrza Chinach (!) dodatkowo w pojedynkę żeby ich lepiej nie przeprowadził. W Londynie gratulowali mu książę Wellington, ówczesny wprzódy szef rządu Peel plus lord Ellenborough, którego Napier przenigdy w pojedynkę nie poznał, nie bacząc na że parę lat współpracował z poprzednio w środku Indiach. Po krótkiej wizycie do wnętrza Irlandii, gdzie spotkał się z gorącym przyjęciem, osiadł do wnętrza Cheltenham oraz napisał satyra na organizację zaopatrzenia do wnętrza armii indyjskiej. Tymczasem wewnątrz 1848 r. wybuchła kolejna wojna z Sikhami. Głównodowodzący wojsk do wnętrza Indiach, lord Gough, stłumił powstanie, jakkolwiek jego dowodzenie (zwłaszcza do wnętrza bitwie przy Chillianwala) pozostawiało wiele do życzenia. W Londynie zapadła wola o odwołaniu Gougha z funkcji głównodowodzącego.
Wybór nowego głównodowodzącego nie był łatwy. Z prośbą o wsparcie zwrócono się do księcia Wellingtona, który wskazał Napiera. Ta oficjalne powołanie została źle przyjęta również Wellington musiał wysunąć kandydaturę kogoś innego. Nominował młodszego brata Charlesa, George'a, pomimo tego ten odmówił. Kolejny kandydat, sir William Maynard Gomm, wypłynął co więcej na Mauritius, jednakże werdykt publiczna domagała się nominacji na rzecz Charlesa Napiera. Kompania musiała ugiąć się zanim żądaniami, aliści dała Napierowi urząd bez prawa zasiadania wewnątrz najwyższej radzie. Napier odmówił przyjęcia tej propozycji oraz wreszcie pozwolono mu zasiadać do wnętrza radzie. 24 marca 1849 r. Napier opuścił Anglię także 6 maja przybył do Kalkuty. Wojna wewnątrz tym czasie była wcześniej skończona.
W listopadzie 1849 r. zbuntowały się niektóre oddziały hinduskie. Napier był zdeterminowany stłumić zapał rebelię w środku zarodku. 66. Regiment do wnętrza styczniu 1850 r. opanował Gorindghur oraz odmówił dalszej służby. Napier zaatakował buntowników dodatkowo wydalił z regimentu wszystkich Hindusów na ich obszar wsadzając lojalnych Gurkhów. W międzyczasie zmieniono zasady racjonowania żywności w środku pułkach sipajów, co groziło kolejnym buntem. Ponieważ gubernator lord Dalhousie był nieobecny natomiast najwyższa wskazówka nie mogła się zebrać, Napier rozwiązał ten zadanie samodzielnie, stając po stronie sipajów również zmuszając intendenturę do powrotu do dawnych sposobów przyznawania żywności. Napier otrzymał zbyt to surową reprymendę od czasu Dalhousiego zbytnio nadwyżka kompetencji. Napier nie nawiązał przyjaznych kontaktów z gubernatorem dodatkowo uznał, że jego oddalony przebywanie wewnątrz Indiach nie ma sensu. Na początku 1851 r. zrezygnował ze stanowiska głównodowodzącego plus do wnętrza marcu powrócił do Anglii.